El IPCSH fue creado en 2015 por Resolución N° 993 del Directorio del CONICET en el marco del Plan de Mejoramiento Institucional del Centro Nacional Patagónico (CENPAT). Ese plan estipuló la transformación del CENPAT en un Centro Científico Tecnológico integrado por diferentes Unidades Ejecutoras, una de ellas el IPCSH (http://www.cenpat-conicet.gob.ar/).

El IPCSH reúne desde entonces investigadores e investigadoras, profesionales, becarios y becarias de diversas disciplinas (Arqueología, Antropología, Bioantropología, Biología, Ciencias de la Computación y la Información, Historia, Geografía, Sociología, etc.). Se configuró así como nodo de referencia en las redes regionales, nacionales e internacionales en Ciencias Sociales, Humanas y Humanidades, interviniendo en problemáticas relevantes como las que involucran a comunidades mapuche y proyectos de desarrollo con impacto socioambiental, entre otras.

Desde la creación del IPCSH se han incorporado nuevas disciplinas como la Bibliotecología, Archivística y Museología, Lingüística, Neurociencias, Comunicación Social, Criminología, y Derecho.

El IPCSH ha realizado aportes significativos, y numerosas acciones de vinculación con la comunidad en materia de Derechos Humanos, Género y Diversidad, problemáticas socioambientales, seguimiento y análisis de conflictos territoriales, salud pública, biomedicina, patrimonio histórico y cultural, rescate y valorización documental, migraciones, urbanismo, etc.