El IPCSH fue creado formalmente en el año 2015 por el CONICET a través de la Resolución del Directorio número 0993, en el marco del Plan de Mejoramiento Institucional (PMI) que comenzó a implementarse durante el tramo final de la gestión de la Dra. Mirtha Lewis, ex- Directora del CENPAT. Dicho PMI es la conclusión del Programa de Evaluación Institucional (PEI) que el CENPAT llevó adelante en el marco de un convenio CONICET-MINCyT, y que contempló una etapa de autoevaluación, una evaluación externa, y la elaboración del PMI arriba mencionado. En  dicho plan se estipula la transformación del Centro Nacional Patagónico en un Centro Científico Tecnológico (http://red.conicet.gov.ar/centros-cientificos-tecnologicos/) con la concomitante creación de seis institutos en su interior, a los cuales se suman a posteriori dos institutos más (http://www.cenpat-conicet.gob.ar/-9.

El IPCSH nucleó a científicos de diversas disciplinas (arqueología, antropología, bioantropología, historia, sociología, lingüística, ciencias de la computación, biología, etc.) interesados en configurarse como nodo patagónico de referencia en la interconexión de redes macro-regionales, nacionales e internacionales de investigación en ciencias sociales, humanas y humanidades, capaz de intervenir en problemáticas relevantes mediante ejes transdisciplinarios, fomentando la transferencia de conocimiento a sectores sociales, organismos públicos y productivos de la comunidad. Este instituto puede ser visto, asimismo, como una consolidación y reconocimiento institucional a la antigua área de Arqueología y Antropología con que contaba el CENPAT en su formato anterior al 2015.

Al provenir de distintas culturas académicas, la convivencia de investigadores, técnicos y becarios en el IPCSH está moldeada por las discusiones interdisciplinarias, tal como queda plasmado en el Proyecto de Unidad Ejecutora titulado “Estudio multidimensional de la población y el territorio en el Chubut y la Patagonia central”. Este proyecto resultó seleccionado en la primera convocatoria de Proyectos de Unidad Ejecutora que el organismo implementó, recibiendo financiamiento para tres años de trabajo de investigación y vinculación tecnológica y social.

A lo largo de su corta historia, el IPCSH ha realizado numerosos eventos de transferencia a diversos sectores de la comunidad en materia de género, extranjerización de la tierra, salud pública, biomedicina, turismo científico, derechos económicos, sociales y culturales, derechos humanos, familias, poblaciones mapuches, tehuelches e indígenas, migraciones, desarrollo urbano, e historia de la ciencia (http://www.ipcsh.conicet.gob.ar/categoria/noticias/). En todos estos eventos se busca una llegada directa a la comunidad y a los tomadores de decisión, así como el acompañamiento de otras instituciones gubernamentales y no gubernamentales interesadas por el empoderamiento de la ciudadanía a través de la adquisición de los beneficios del avance Científico y Tecnológico.